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1、性质不同：

(1)棚户区改造：是一项惠民利民的工程。棚户区改造的根本目的是改善人民的居住条件，兼顾城市功能和城市环境的改善。

(二)房屋拆迁：是指建设单位或者个人因国家建设、城市改造、城市整治、环境保护等需要，对现有建设用地上的房屋进行拆除，并对房屋所有权人或者使用人进行迁移安置，视情况给予一定补偿的活动。

2.补偿标准不同：

(1)棚户区改造补偿：通常是对居民的补偿，分为货币补偿和产权置换补偿。

(1)产权置换包含：1: 1.5面积置换；

(2)将房屋重置为新价格，即将房屋转换为与新旧房屋、装修和结构相关的价格，

(3)其他搬迁奖励。

(2)房屋拆迁补偿：指拆迁人根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定给予被拆迁房屋所有权人的补偿。房屋拆迁的补偿方式包括：

(一)货币补偿；

(2)房屋产权交易；

(3)也可以选择货币补偿与产权置换相结合的补偿方式。

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条、第十九条的规定，征收国有土地上的单位和个人的房屋，应当对被征收房屋的所有权人给予公平补偿。对被征收房屋价值的补偿不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。

3.不同的主导方式：

棚户区改造为政府主导运营，按照“政府主导、市场运作”的原则实施改造。除了鼓励地方政府落实财政补贴、税费减免、土地出让收入返还等优惠政策外，政府还允许在改造项目中建设一定比例的商业服务设施和商品房，支持部分政府收入的出让，吸引开发企业参与棚户区改造。

房屋拆迁由政府指导或批准，可由人民政府组织实施统一拆迁、自行拆迁和委托拆迁三种形式。

(1)人民政府组织统一拆迁。

即由人民政府或其特别委托的单位统一进行拆迁、补偿、安置等工作。是国家提倡和鼓励的拆迁方式。《拆迁条例》规定：“有条件的城市和城市中进行综合开发的地区，应当统一拆迁。”

(2)自拆。

是指被拆迁人自行搬迁、安置和补偿。拆迁主要业务人员必须经拆迁主管部门培训，取得拆迁资格证书后方可上岗。

(3)委托拆迁。

是指拆迁人委托他人进行的补偿安置工作。委托人应当是取得房屋拆迁资格证书的单位。

棚户区改造的房子可以办理房产证，但是比较麻烦，时间会长一点。为鼓励棚户区居民按期拆除，调动房地产开发企业承担城市棚户区改造项目的积极性，凡纳入全省棚户区改造计划的棚户区改造项目均可享受地方优惠政策。